Il nonno di Yugi Sugoroku Muto ritrova i pezzi di un antico rompicapo egiziano, il Millennium Puzzle (Puzzle del Millennio). Yugi riesce a completarlo e viene posseduto dallo spirito di un faraone antico di 5000 anni, che ha dimenticato ogni cosa della sua epoca, perfino il suo nome, e per questo è comunemente chiamato Yami Yugi. Con il proseguire della storia i due, insieme con gli amici di Yugi: Anzu Mazaki, Katsuya Jonouchi, Hiroto Honda, ecc., cercano di scoprire il segreto delle memorie perdute del Faraone mediante il gioco di carte Duel Monster (Magic & Wizards nel manga originale) che viene rispecchiato nel gioco delle ombre (una versione di Duel Monster giocata nell'antico Egitto di questa ambientazione).
Yu-Gi-Oh! GX segue la storia di Jaden Yuki (Judai Yuki in Giappone), un giovane e dotato duellante a cui viene data la carta "Kuriboh Alato" da Yugi prima della sua ammissione alla Duel Academy una scuola elitaria fondata da Seto Kaiba. Jaden, riceve un punteggio molto basso al test di ammissione scritto, ma dato che nel test pratico riesce addirittura a sconfiggere un professore dell'accademia decidono di ammetterlo comunque ma viene piazzato nel dormitorio Slifer Rosso (Osiris Red nella versione originale) riservato agli studenti con i voti più bassi. La storia prosegue prima con le sfide tra Jaden e diversi studenti della Duel Academy e quindi con il suo coinvolgimento con i segreti nascosti dell'accademia. MOVIE Movie - La Piramide di Luce
